IPA programom u osnovi se upravlja na tri razine:
1. Razina IPA programa - koordinacija, upravljanje, evaluacija,i kontrola primjene svih pet operativnih programa
2. OP razina - razina programiranja, upravljanja i koordinacije različitih operativnih programa (uključujući i prioritete, mjere i operacije)
3. Provedbena razina - kroz SAFU se za sheme dodjele bespovratne pomoći i projekte raspisuju natječaji, a nakon evaluacije potpisuju se ugovori i vrši se isplata sredstava.
1. Cjelokupna razina IPA programa
Četiri ključna tijela odgovorna su za svih pet komponenti IPA-e.
- Ministarstvo regionalnog razvojna i fondova EU je Nacionalni IPA koordinator i odgovoran je za cielokupnu pripremu i koordinaciju IPA programa i pripadajućih Operativnih programa.
- Ministarstvo financija odobrava isplate putem Nacionalnog dužnosnika za ovjeravanje (NDO) upravlja i distribuira sredstva putem svoje ustrojstvene jedinice koja se naziva Nacionalni fond (NF).
- Dužnosnik nadležan za akreditaciju (DNA) je neovisno tijelo odgovorno za izdavanje, praćenje i suspenziju ili povlačenje akreditacije (NDO i Nacionalni fond u Ministarstvu financija) te za upravljanje i kontrolu nad sustavima svih Operativnih programa
- Revizijsko tijelo je zasebna agencija koja podnosi izvještaje Dužnosniku nadležnom za akreditaciju (DNA), Europskoj komisiji i Nacionalnom dužnosniku za ovjeravanje (NDO) o rezultatima revizije provedenim na Operativnim programima.
2. OP razina
Za sve Operativne programe vrijedi sljedeća logika programiranja i upravljanja: Tijelo nadležno za Operativni program i Tijela nadležna za prioritet/mjeru.
3. Provedbena razina
Središnja agencija za financiranje i ugovaranje (SAFU) odgovorna je za raspisivanje natječaja, ugovaranje, fakturiranje, računovodstvo, izvještaje o nabavama, tehničku pomoć i projekte bespovratne pomoći.
